扁桃体发炎是儿童期比较常见的上呼吸道感染之一，一般分细菌感染和病毒感染。如果是细菌感染，可能需要使用到抗生素，如果是病毒感染引起，则以对症治疗为主。扁桃体炎发热或剧烈疼痛时，可服用布洛芬或对乙酰氨基酚。
细菌感染中最常见的为A组链球菌。A组链球菌传染性强，还可能导致猩红热、肾炎等，治疗不及时对孩子影响大。可以进行咽部快速链球菌抗原检测（RADT），可能出现假阴性，此时可加做咽拭子链球菌培养。如果诊断为A群β溶血性链球菌感染，一般使用抗生素抗感染治疗，首选阿莫西林或者阿莫西林克拉维酸钾，也可以使用头孢类药物。
病毒感染也会引起扁桃体炎，常见的有腺病毒、EB病毒感染，此外柯萨奇病毒、埃可病毒、流感病毒、副流感病毒感染也不少，极少数为单纯疱疹病、呼吸道合胞病毒等病毒感染。需要注意是EB病毒感染引起的传染性单核细胞增多症（简称“传单”），会合并发热、明显鼻塞、颈淋巴结肿大、脾肿大和肝酶升高。病毒感染治疗主要为对症处理，目前研究发现使用抗病毒药物并没有获益，因此并不推荐。