头孢菌素和克林霉素都属于抗生素，这两类药物的作用机制是不同的，抗菌谱也是有差别的。克林霉素主要是对阳性菌的感染效果比较好，因此可以用于呼吸道的感染、皮肤软组织的感染以及手术切口的感染、预防感染。头孢菌素其实是一个非常大的类别，里面包括头孢一代、头孢二代、头孢三代、头孢四代，四代不同的头孢菌素抗菌谱也是不同的。
头孢一代主要是对阳性菌的活性比较好，头孢二代是略有一些阴性菌的活性，但是还是主要针对阳性菌。头孢一代和头孢二代可能更适合用于上呼吸道感染、皮肤软组织感染，而且适合用于比较轻型的感染，也可以用于手术的预防感染。自头孢三代开始，对阴性菌的抗菌活性是增强的，可以用于呼吸道的感染、腹腔的感染，泌尿道、生殖道等有阳性菌、阴性菌的混合感染。头孢三代可能对阴性质的感染活性是更强，也可以用于这些中度的感染。头孢四代的抗菌谱是更加强大，一般用于重度的感染，因此头孢和克林霉素没有明确的绝对好坏，要看适合的疾病，要根据所得的疾病来选择抗生素，抗生素的选择也是由医生来决定的，需要根据疾病、机体状况来合理的选择抗生素，因此头孢和克林霉素哪个好，这个是没有明确的定论的，要根据疾病来确定。
克林霉素和头孢都属于抗生素，但它们针对的敏感菌不同，可以说是各有所长。
要想抗生素疗效好，找对敏感菌，合理使用是关键，克林霉素最主要的特点是对各种厌氧细菌抗菌作用强大。
临床上主要用来治疗厌氧菌导致的腹腔、妇科和口腔科的感染，治疗敏感的需氧细菌主要是革兰氏阳性球菌导致的呼吸道感染、骨和软组织感染、胆道感染以及心内膜炎，败血症等，尤其是由金黄色葡萄球菌感染导致的骨髓炎。
头孢是头孢类抗菌药的总称，常用的约30种，按其发明年代的先后和抗菌性能的不同分为一、二、三、四代，在临床使用较为广泛。不过切勿在饮酒前后使用，否则极易出现休克、晕厥，甚至会有生命危险。