一、原发性头痛疾病
（一）偏头痛
偏头痛具有遗传易感性，约60%的患者有家族史。女性发病率高于男性，常于青春期起病，可在夜间发作。其发病机制与神经递质（如5-羟色胺等）紊乱、血管舒缩功能异常有关，例如发作时颅内血管先收缩后扩张，刺激周围神经引发头疼。
（二）紧张型头痛
长期精神压力大、焦虑、抑郁等情绪因素，以及不良姿势（如长期低头工作）等，可导致头颈部肌肉持续紧张。夜间休息时肌肉紧张状态未缓解，易诱发紧张型头痛，多见于成年人，无明显性别差异，但女性因情绪相关因素影响可能更易发病。
二、睡眠相关疾病
（一）睡眠呼吸暂停综合征
患者夜间睡眠中出现呼吸暂停或低通气事件，导致机体反复缺氧、二氧化碳潴留，进而引起脑血管扩张、神经功能紊乱，引发头疼，常见于肥胖人群、中年男性，儿童也可患病，儿童多与腺样体肥大等上气道阻塞因素相关。
三、心血管系统疾病
高血压
部分高血压患者血压呈昼夜节律变化，夜间可能出现血压升高，血压波动刺激脑血管，导致夜间头疼，老年人发病率相对较高，有高血压病史者更需关注夜间血压情况。
四、颅内病变
（一）颅内肿瘤
肿瘤逐渐生长过程中，可引起颅内压缓慢升高，夜间睡眠时颅内压变化可能诱发头疼，任何年龄段均可发生，儿童可能因先天性肿瘤等起病，成人则以继发性肿瘤多见。
（二）颅内感染
如脑膜炎，细菌、病毒等病原体感染脑膜，炎症刺激导致脑膜敏感，夜间炎症反应可能加重，引发头疼，儿童及免疫力低下人群易患。
五、药物因素
长期服用某些药物后突然停药，可能出现停药反应导致夜间头疼，例如长期服用降压药、抗癫痫药等，具体药物因个体用药情况而异，需结合患者用药史综合判断。