嘴边起水泡，要根据发病的原因采取相应的处理方法。上火所致可以应用清热去火的药物治疗；单纯疱疹病毒感染，则需要口服以及外用抗病毒的药物；若为天疱疮，则需应用糖皮质激素类药物治疗。
若嘴边起水泡是由于上火造成的，可以多喝些温开水，同时也要服用清热去火的药物来治疗，如牛黄上清丸、牛黄解毒丸、金银花颗粒等。服用这些药物后，体内的火气会逐渐被消除，改善上火引起的起水泡等症状。
若嘴边的水泡经常复发，考虑是单纯疱疹病毒感染引起的，可以口服抗病毒的药物来治疗，如伐昔洛韦片、泛昔洛韦片、阿昔洛韦片等，服药后可以有效缩短病程。也可以在局部外涂具有抗病毒效果的药物，如喷昔洛韦乳膏、阿昔洛韦乳膏、重组干扰素凝胶等。
嘴边起水泡也可能是患上了天疱疮，这种水泡的疱壁松弛，破溃之后会形成糜烂面，需要口服糖皮质激素类药物来治疗，如醋酸泼尼松片、地塞米松片、甲泼尼龙片等。同时还需要外用糖皮质激素类药膏，如曲安奈德益康唑乳膏、地塞米松乳膏、丙酸氟替卡松软膏等。
嘴上长小水泡还有一种就是过敏性导致的过敏性唇炎。过敏性唇炎在嘴唇上也会长小的水泡，因为是过敏导致的，在饮食上要注意辣椒、油腻、火锅、海鲜，这种辛辣刺激的东西，要注意尽量不去吃。另外饭菜不要经过口唇直接送到嘴里，这样就会减少理化因子对口唇的刺激。
所以嘴唇上长小水泡因为过敏而导致的，可以用抗过敏方式来进行治疗。像3%的硼酸溶液做局部冷湿敷，湿敷结束以后给与涂药，像钙调神经磷酸酶抑制剂、吡美莫司或者是他克莫司进行涂抹，这样的嘴唇上水泡逐渐的也会消失了。所以有的时候快速消失，也得看机体的反应情况，用了药之后如果机体反应都不是很好，还得换一种药，这样导致治疗的时间就会延长，所以不能太着急。