病毒感染引起的性传播疾病常见有尖锐湿疣、生殖器疱疹以及艾滋病、乙型病毒性肝炎、丙型病毒性肝炎等。
尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染所致的以肛门生殖器部位增生性损害为主要表现的性传播疾病。大多发生于中青年人群，大约经过平均为3个月的潜伏期后发病，主要通过性接触传播。生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒（HSV）引起的性传播疾病，主要是HSV-2型，少数为HSV-1型，生殖器疱疹可反复发作，还可通过胎盘及产道感染新生儿，导致新生儿先天性感染。
艾滋病毒可经性途径传播引起获得性免疫缺陷综合征，特别是青中年的人群中男男同性恋成为性传播途径的主要群体，急性期症状有发热、肌肉关节酸痛、咽痛等非特异症状，持续时间短，不易发现。艾滋病毒感染后数周才能检测到用于诊断的艾滋病抗体，但此期的患者血清可检测出艾滋病病毒RNA，具有传染性，因此，发生高危性行为后应有主动就诊意识，在专业医生的指导下进行感染的阻断。
乙肝病毒、丙肝病毒通过除可以经血液、体液传播外，也可经性接触途径传播，引起乙型肝炎、丙型肝炎，急性期主要症状有恶心、食欲减退、乏力等，可转为慢性感染，少数病例可发展为肝硬化或肝细胞癌。无论慢性乙肝或慢性丙肝患者，只要符合抗病毒指征，应积极服用抗病毒药物，目的是抑制病毒复制，降低传染性，减轻肝脏损伤，减少或避免肝硬化甚至肝癌的发生，改善长期预后。