当其他影像学检查如X线、CT不能很好辨别疾病的时候，考虑做磁共振，一般由医生根据病情来安排。主要包括下列情况。
1.急性脑梗塞需要进行核磁共振检查，尤其是超急性脑梗塞。
2.关节，膝关节半月板、膝关节、肩关节等诊断关节内部病变时。
3.磁共振对于软组织的分辨率是非常高的，尤其是确诊早期的强直性脊柱炎，盆腔早期肿瘤、股骨头无菌性坏死，男性前列腺癌的病灶诊断，女性宫颈癌、子宫内膜癌的病灶诊断。
4.辅助诊断脑和脊髓病变。
5.垂体、内耳、前列腺、辅助病变的早期诊断。
6.在血管成像中能显示动脉、静脉。
7.在水成像中能显示、胆道系统、泌尿系统。
CT能迅速判断病人的脑卒中是出血性的还是缺血性的，方便医生采取对应的治疗手段，但CT对缺血性的病灶不够敏感。磁共振对软组织对比度更高，病灶边界显示更为清晰，不用对比剂也可以发现头部血管的堵塞、斑块和狭窄，但是价格相对来说就更贵。不是说贵的就是好的，CT与核磁都有自己的优势，根据病情而定，遵医嘱检查，达到最大的效果。
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