治疗灰指甲需要分两个步骤进行治疗：
第一、祛除病甲。灰指甲是由于指甲感染真菌，从而导致指甲出现增厚、变色、脱皮以及变性等等表现，及时的去除这些病甲，可以增强局部用药治疗的效果，有利于疾病的恢复。
去除的方法主要是用陈醋或者一些具有溶解角质的药物治疗，然后用指甲钳尽量的剔除病甲。
第二、局部外用具有抗真菌功效的药物治疗，例如硝酸咪康唑、珊瑚癣净、复方水杨酸酸樟碘溶液等等。药物治疗一定要按时使用，而且一定要按疗程使用，以免影响药物的治疗效果。
灰指甲医学上称为甲癣，治疗方法包括外用药物如阿莫罗芬乳膏，口服药物如特比萘芬等。
1.脚趾甲甲癣是皮肤癣菌、酵母菌等引起的甲板或甲下组织的真菌感染。如果是远端侧位甲下型或者是白色浅表型，常用外用药物治疗。把病甲去除后，外用阿莫罗芬、酮康唑等抗真菌制剂。
2.系统药物治疗为连续口服特比萘芬，也可以使用伊曲康唑间歇冲击疗法。在口服药物的同时，可以配合使用外用阿莫罗芬等抗真菌的药物治疗。
甲癣患者，建议及时至正规医院就诊，遵医嘱用药治疗，切勿自行使用药物，以免耽误病情。