结肠炎的治疗有药物治疗如柳氮磺吡啶等、手术治疗如全结肠切除术等。
1.药物治疗：结肠炎的常见治疗药物有5-氨基水杨酸类药物如美沙拉嗪、奥沙拉嗪、柳氮磺吡啶、巴柳氮等，肾上腺皮质激素类药物如泼尼松、地塞米松、氢化可的松等，免疫抑制剂如硫唑嘌呤、环孢素A、甲氨蝶呤、6-巯基嘌呤等。症状较轻者一般短期治疗可治愈，症状较严重则需长期用药。
2.手术治疗：结肠炎的手术治疗一般用于出现不受控制的出血、穿孔等情况下，常用手术有全结肠切除术和回肠J-囊袋肛门接合术等。
治疗时应在医师指导下用药，不可盲目自行用药。