灰指甲就是甲真菌病，治疗药物总体来说有外用、口服两大类。
具体药物如下：
1.外用药物治疗。主要用于表浅和未累及甲根的损害。用刀背端尽量去除病变的指甲，然后再用百分之三十浓度的冰醋酸涂抹然后再用百分之三到五浓度的碘涂抹，每天2次，持续3到6个月的时间，直到出现新的指甲为止;也可以用百分之四十浓度的尿素软膏对患病的指甲进行涂抹使指甲软化，然后再局部进行抗真菌治疗;也可以用环吡酮或者酮洛芬或者阿莫西林涂抹在甲板上形成药膜，使药物渗透甲板的表面进行治疗。
2.目前口服抗真菌药物治疗的效果是最肯定的，治疗需要一个疗程，一般来说伊曲康唑每个月口服1周然后停用3周，连续3个月，需药至少3个月的时间进行治疗，替比萘芬也一样，每日口服，口服0.25mg，连续3个月至4个月。当然，通过口服抗真菌药物对灰指甲进行治疗需要定期检查肝肾功能。
灰指甲可以外用抗真菌类的药物，如特比萘芬软膏、环吡酮胺软膏、咪康唑或酮康唑等，指甲缝用环吡酮胺的甲涂剂或阿莫罗芬的甲涂剂，口服特比萘芬、伊曲康唑等。
灰指甲的治疗主要是从两个方面：
一、首先要做好预防，尤其是家里成员有人患灰指甲后要注意跟其他的家庭成员隔离，包括患者用的鞋、脚盆、擦脚巾等等，避免混用。
二、治疗方面首先外用治疗，外用治疗除了抗真菌药物以外，还要注意保持足缝的干燥，有时脚特别易出汗的可以在足缝撒痱子粉、爽生粉等等。可以外用抗真菌类的药物，如特比萘芬软膏、环吡酮胺软膏或咪康唑、酮康唑等，可以选用两种交替使用。指甲缝可以用抗真菌药物，比如环吡酮胺或阿莫罗芬的甲涂剂。它像指甲油一样涂起来很方便，一周1到2次、慢慢过渡到一周1次，具体按照说明书用药即可。外用药物针对于甲外缘的1/3受累患者有一定的疗效，对于整个甲板甚至甲根部受累的灰指甲、比较严重的，或好几个指甲都有受累情况患者，要口服抗真菌药。口服抗真菌药现在的安全性是很高的，当然很多患者会心有肝功能损伤问题，可以服用一个月后进行肝功能的检测。
目前比较常用的抗真菌药口服的有特比萘芬，一般是1天一次，服用12周左右；还可以选用伊曲康唑的冲击疗法，即一个月只服用一个星期的药物，连服四周左右。如果患者不放心可以服用一个月后去监测肝功能再连续服药。这些药物尤其是口服药物必须在医生指导下用药，不能自己单独购买。