目前临床上治疗肾结石的手段有很多，常用的有药物治疗及手术治疗两大类。
如果是肾结石小于20mm，使用体外冲击波碎石可以获得很好的效果；对于大于20mm的结石，应该首选经皮肾镜碎石取石术。对于肾下极的结石，体外冲击波碎石后结石碎片常常滞留在肾盏内，导致结石的复发。因此，当结石小于15毫米的时候，可以选择体外冲击波碎石，碎石之后，还需要大量饮水和倒立体位，来促进结石排出。当结石大于15毫米的时候，常常选用经皮肾镜碎石取石术或者软性输尿管肾镜碎石手术治疗。 如果肾结石较小，例如直径小于5mm，建议多饮水，多运动，使用中成药进行排石治疗。
除了手术治疗之外，还可以配合口服坦索罗辛，使输尿管下段松弛，促进结石排出；可以用双氯芬酸钠栓剂，有助于减轻输尿管水肿，减少疼痛发作的风险，促进结石排出；也可以加用中药辅助治疗，中药的治疗以清热利湿，通淋排石为主，常用的中成药有排石颗粒等。