功能性消化不良的患者，可以遵医嘱服用促胃肠动力药物如多潘立酮、抑酸护胃类药物如奥美拉唑，及促消化的中成药如保和丸等进行治疗，由幽门螺杆菌感染引起者，需进行质子泵抑制剂+铋剂+2种抗生素的四联治疗。
首先，功能性消化不良多是由于胃肠动力较差所引起，此时患者可服用促胃动力药物进行治疗，临床上常见的药物有多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利分散片、盐酸依托必利分散片等。
其次，功能性消化不良的患者出现胃酸、烧心、胃脘不适的症状时，可以服用抑酸护胃类药物进行治疗，常见的有奥美拉唑肠溶胶囊、泮托拉唑肠溶片、雷贝拉唑肠溶片等。
另外，功能性消化不良的患者出现食欲不振、腹胀等症状时，可以辨明证型后服用保和丸、健胃消食片、山楂丸等中成药进行治疗。
若是患者感染幽门螺杆菌后出现了消化不良的症状时，可以质子泵抑制剂如兰索拉唑肠溶片+铋剂如胶体果胶铋胶囊+2种抗生素如阿莫西林胶囊、克拉霉素缓释片等药物进行杀菌治疗，青霉素过敏者，可将阿莫西林胶囊改为四环素片。
出现功能性消化不良的症状时，需要及时前往专业的消化内科门诊进行治疗，在专业消化内科医师的指导下正确用药治疗。