两者副作用、纯度和吸收效果不同。
盐酸氨基葡萄糖和硫酸氨基葡萄糖相同的作用是治疗骨关节炎，改善软组织和骨的代谢，促进修复软骨细胞，是骨关节炎比较常用的治疗药物。主要区别有：
1.副作用：长期服用含大量氯离子的盐酸氨基葡萄糖，对胃肠不利，建议饭后半小时后再服用会比较安全。而且对肝、肾容易造成损害；硫酸氨基葡萄糖中的硫酸根离子是人体内蛋白合成的参与者，故副作用比盐酸氨基葡萄糖小。
2.纯度：由于硫酸氨基葡萄糖为了保持稳定性，必须加入20%左右的盐酸盐，这就意味着硫酸氨基葡萄糖的纯度最高只能为80%；盐酸氨基葡萄糖的高稳定性决定了他不用添加任何稳定成分，因此盐酸氨基葡萄糖的纯度更高，也比硫酸氨基葡萄糖更稳定。
3.吸收效果：人体软骨主要依靠“硫酸根”介导吸收氨基葡萄糖，硫酸氨基葡萄糖有这种“硫酸根”；而盐酸氨基葡萄糖“硫不含酸根”，含有的是相对不容易被人体吸收的“盐酸根”。因此，硫酸氨基葡萄糖更容易被机体吸收。