膀胱炎在治疗过程中，通常会用两大类的药物进行治疗，第一大类就是抗生素：
医生会根据这一段时期常见的膀胱炎的流行病学上的常见的细菌来帮助选药，通常使用喹诺酮类。如果患者对喹诺酮类过敏或者既往有耐药的情况，可以换用磷霉素类。如果患者可能是其他的一些病原体的感染，比如支原体、衣原体的感染，临床上会选用美满霉素。
如果患者的感染持续迁延不愈，那么一般推荐在这个阶段进行尿培养加药敏试验。由于培养和药敏检查需要三到四天，所以在临床上泌尿外科医生通常会先根据经验处方药物，如果感染在一周之内仍然不能够改善，那么需要进行上述三到四天的尿细菌培养加药敏的检查。
第二大类药物是中成药，所有在中医中药里面通淋的药物，都可以缓解下尿路的尿频、尿急、尿痛这一类的症状， 因为它可以消除尿道部的腺体、还有表面这些粘膜的水肿，从而起到很好的临床治疗效果。