第一就是急症的手术，包括囊肿的破裂、出血、继发感染等危及生命的时候，行急症外科引流手术，切开引流或者是囊袋缝合术，注意要补充水电解质，进行全身治疗，在瘘管形成后再行再次手术。
第二就是择期手术，假性囊肿形成后二到四个月，根据病变的程度范围选定手术，居于胰尾部可行胰尾脾脏切除。位于胰头脾部，行囊肿胃肠吻合术、囊肿十二指肠吻合术、囊肿空肠吻合术、吻合口应该足够大，防止逆流感染。内漏存在时，术前应该清洁胆道和肠道，口服新霉素，同时肌注维生素K，真性囊肿一般与周围组织黏浊不紧，较易剥离，也可能连同囊肿切除部分胰腺。胰腺囊肿是很严重的疾病，一旦确诊，需要患者及时治疗。
治疗胰腺囊肿，先要区分到底是什么类型。
如果胰腺炎后胰腺假性囊肿，先要根据假性囊肿形成的时间以及是否跟胰管相通来决定治疗方式。绝大多数胰腺假性囊肿，通过保守治疗，会慢慢缩小。如果没引起任何症状，不需特殊治疗，只需动态观察即可。
而对于胰腺假性囊肿跟主胰管相通的假性囊肿，是没有办法自己消退的，而且可能会越来越大。此时需进行假性囊肿内引流，可以进行手术内引流或说是内镜下内引流。
对于胰腺囊性肿瘤，先要明确是单纯性的胰腺囊肿，还是胰腺囊性肿瘤。
如果单纯性的胰腺囊肿，在没有任何症状的情况下，可以选择动态观察。而如果囊肿比较大，对邻近的器官产生了压迫症状，需进行手术的切除。
而对于怀疑不是单纯性的胰腺囊肿，可能其他类型胰腺囊性肿瘤的情况，要积极手术治疗，比如黏液性囊腺瘤，胰腺导管内的乳头状瘤或胰腺实性假乳头状瘤，都可能恶变，因此需尽早手术切除。