扁桃体发炎需要根据不同的原因、病情针对性用药。
急性扁桃体炎因具有传染性，最好能隔离患者或戴口罩，需卧床休息及多饮水，加强营养及疏通大便，咽痛剧烈或高热时，可口服退热药及镇痛药；抗生素应用是主要治疗方法，青霉素是首选，根据病情轻重决定给药途径，一般用药5～7天，若治疗2～3天后无好转，需分析其原因，改用其他种类抗生素，激素可酌情使用；局部治疗可用复方硼砂溶液或1：5000呋喃西林含漱液含漱。儿童可用温热糖水漱口。碱性含漱液有溶化黏稠分泌物的作用。喉片含服也有消炎止痛的作用，能缓解症状。
慢性扁桃炎患者有反复发作咽痛、易感冒或扁桃体周围脓肿的病史。非手术治疗包括：1.参加体育锻炼，增强体质及抗病能力，常服维生素C、鱼肝油；2.其他如扁桃体隐窝的吸引和注洗法、深度X线照射法，均有人试用，远期疗效尚待观察。手术治疗即扁桃体切除术，是治疗慢性扁桃体炎较好的方法。
治疗急性、化脓性扁桃体炎，首选青霉素类抗生素。这是由于急性扁桃体炎的病原体，主要以革兰阳性球菌为主。但是应用青霉素类抗生素大家要注意，首先要在医院作皮试，其次，还可以选用一些头孢类抗生素，比如头孢唑啉、头孢拉啶、头孢呋肟等，用这些药物一般可能不用做皮试，但是一定要在医生的指导下应用。
如果患者对青霉素类药物过敏，可以选用红霉素、罗红霉素、阿奇霉素、克拉霉素等药物。后面这三类药物是新一代红霉素制剂，疗效比较好，副作用比较少。
在应用抗菌药物的同时，还可以用一些解热镇痛的药物，对症治疗，比如，当患者的体温达到38.5℃以上，可以用一些退烧药。退烧药可用安痛定一支肌肉注射，扑热息痛口服，同时，可用复方硼酸溶液，或洗必泰漱口液漱口。
患者应卧床休息、多饮水通大便。对于慢性扁桃体炎的治疗可用含漱法，可选用含碘片，每次一、两片，每日三到四次含化，或用淡盐水漱口，简单又方便。可以饭前、饭后、睡前漱口，取温水一杯，加少许食盐，口感有点咸味即可，反复漱口，每次五分钟左右。
此外，药物治疗可长期服用维生素C，每次一片，每日三次。体质虚弱容易发作的患者，应在医生的指导下使用一些，提高机体免疫力的药物。非急性发作时，不要滥用抗生素。