脑神经发育不良的原因较多。
首先，是由于先天性因素所导致，出现的脑发育不良。往往是由于特殊原因，比如父母近亲结婚或者是母亲怀孕的时间年龄过小或者是年龄过大。
其次，有些女性有基础性疾病，比如高血压、糖尿病等。
在怀孕期间如果感染风疹病毒，感染也可能会造成胎儿脑神经功能发育异常，造成脑发育不良的情况存在。
怀孕期间，滥用药物有习惯性流产、先兆流产、羊水过多等，都有可能会造成先天性的脑发育不良。
另外还有一种可能就是胎儿在出生的时候受到了疾病的损伤，比如严重的缺血缺氧性脑病以及核黄疸，包括早产儿等。
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