石菖蒲和水菖蒲的区别主要在于植物来源、功效、部分适应证等方面，具体用药应遵医嘱。
1.植物来源：石菖蒲是由天南星科菖蒲属植物石菖蒲的干燥根茎制成的中药材；水菖蒲为天南星科菖蒲属植物菖蒲的干燥根茎制成的中药材。
2.功效：石菖蒲具有豁湿开窍、化湿和胃、宁心益志的功效；水菖蒲具有化痰开窍、除湿健胃、杀虫止痒的功效。
3.适应证：石菖蒲主治痰蒙清窍、神志昏迷、健忘、失眠、噤口痢、耳鸣、耳聋；水菖蒲主治痰厥昏迷、中风、癫痫、食积腹痛、泄泻痢疾、风湿疼痛、惊悸健忘、耳聋耳鸣、湿疹、疥疮。
两者均应慎用于阴虚阳亢、汗多、精滑的人群。具体用药应在专科医师指导下进行，不可擅自用药。