泮托好些。
泮托拉唑和奥美拉唑都是中和胃酸的药物，缓解胃酸分泌过多造成的胃肠道疾病。两种药物都属于质子泵抑制剂，泮托拉唑研制时间比奥美拉唑得研制时间长，出厂晚，泮托拉唑在弱酸环境中停留时间长，药性更稳定，作用抑制胃酸的时间长，而且口服的作用更强，更容易吸收。在抑制胃酸分泌的同时也能减少胃液分泌，胃液分泌最主要成分包括水、有机物和无机盐。抑制胃蛋白酶分泌同时抑制幽门螺杆菌感染。幽门螺杆菌感染可以促进胃分泌更多胃酸，是机体处于一个高酸环境，对人体有极大的损伤。
奥美拉唑是最早应用于治疗消化系统疾病的抑制剂，第一代药物发现早，临床实践可能缺乏，所以一般副作用比较大，利用率也比较小。由于生物技术发展较快，泮托拉唑在奥美拉唑的基础上对母体结构进行改造而成，属于第三代质子泵抑制剂，其安全性、有效性及生物利用率较奥美拉唑更高，更加适合人体需要。
一般来说泮托拉唑相对较好些。奥美拉唑和泮托拉唑都是质子泵抑制剂，对抑制胃酸均有较好的效果，主要从生物利用度和用药安全性两方面对比。
1.泮托拉唑是质子泵抑制剂第三代，奥美拉唑是第一代。泮托拉唑生物利用度主要指被吸收进入人体循环的速度与程度比奥美拉唑要好，能够更好的抑制胃酸。
2.安全性主要指泮托拉唑的副作用相对较小，不易发生药物不良反应，如恶心、呕吐、腹泻等，与其他药物配伍时安全性相对较好。
建议在专业医生指导下，根据疾病不同情况，选择不同类型的药物治疗，切不可盲目用药。