一般而言，尖锐湿疣是由于人乳头瘤病毒感染而引起的一种性传播疾病，通常表现为人体生殖器官、肛门附近有皮肤黏膜溃烂、长淡红色丘疹、疣体等，一般会伴有瘙痒、红肿等不适症状。咪喹莫特乳膏作为一种免疫调节剂药物，能够有效治疗尖锐湿疣，从而对其产生的疣体也有一定治疗效果。在这种情况下，患者可以遵医嘱将咪喹莫特乳膏涂抹于患处，能够有效缓解尖锐湿疣的疣体所产生的不适。
咪喹莫特软膏治疗扁平疣疣一定的疗效。
扁平疣是由人乳头状瘤病毒感染引起，病毒疣使皮肤表皮网篮状角化过度伴角化不全，棘层肥厚，表皮上部可见较多空泡细胞，细胞核嗜碱性，颗粒层均匀肥厚。咪喹莫特软膏为免疫反应调节剂，主要成分为咪喹莫特。在治疗部位咪喹莫特能够在用药局部在体内、诱生多种细胞因子及相关产物，从而产生免疫调节和间接抗病毒作用，能促进多种细胞因子如白介素IL-1、IL-6、IL-8的产生，提高α-干扰素和肿瘤免疫反应而发挥药理作用。产生具有针对性的HPV免疫应答，消除HPV感染，此外，咪喹莫特还能够增强抗原表面细胞对病毒的识别能力，激活细胞活性，增加寡腺苷酸合成酶的活性，起到全面清除皮损部位HPV病毒的作用。对扁平疣有一定疗效。