肾囊肿可以对患者行微创手术、通过穿刺抽液无水乙醇硬化术、手术等方式消除。
1.微创手术：适用于肾囊肿较小、无症状和无并发症的患者，用腹腔镜观察，在腹腔镜下行肾囊肿去顶减压术来消除囊肿。
2.穿刺抽液无水乙醇硬化术：对引起疼痛、不适、尿路梗阻、感染、出血、高血压、肿瘤有破裂可能且直径超过5cm的较大囊肿，可考虑穿刺抽液，然后注入硬化剂（无水乙醇等）消除，以防复发。肾盂旁囊肿及与肾盂相通的肾囊肿不宜行囊肿穿刺术及硬化治疗。
3.手术切除：对直径大于10cm且体积大于500ml的巨大囊肿、穿刺后复发的囊肿、可疑癌变的囊肿应考虑行手术治疗。
肾囊肿的治疗方法主要是手术治疗，常用手术方法有肾囊肿穿刺硬化治疗和外科手术切除治疗。
1.肾囊肿穿刺硬化治疗：主要用于直径＞5cm的较大的囊肿的治疗，可考虑抽液并注入无水乙醇等硬化剂以防止复发。手术要在B超的引导下进行。另外，需要注意的是，肾盂旁囊肿及与肾盂相通的肾囊肿不宜使用该治疗方法。
2.外科手术切除治疗：主要用于直径＞10cm、体积＞500mL的巨大囊肿或有癌变可能及穿刺后再次复发的囊肿。
单纯的肾囊肿恶变几率低，对肾功能影响很小，所以无明显症状的患者可以不进行治疗。