第一就是急症的手术，包括囊肿的破裂、出血、继发感染等危及生命的时候，行急症外科引流手术，切开引流或者是囊袋缝合术，注意要补充水电解质，进行全身治疗，在瘘管形成后再行再次手术。
第二就是择期手术，假性囊肿形成后二到四个月，根据病变的程度范围选定手术，居于胰尾部可行胰尾脾脏切除。位于胰头脾部，行囊肿胃肠吻合术、囊肿十二指肠吻合术、囊肿空肠吻合术、吻合口应该足够大，防止逆流感染。内漏存在时，术前应该清洁胆道和肠道，口服新霉素，同时肌注维生素K，真性囊肿一般与周围组织黏浊不紧，较易剥离，也可能连同囊肿切除部分胰腺。胰腺囊肿是很严重的疾病，一旦确诊，需要患者及时治疗。