芡实和莲子区别在于药物来源、功效、作用等。芡实药用来源为芡的干燥成熟种仁，而莲子的药用来源为莲的干燥成熟种子。芡实益肾固精、补脾止泻、除湿止带，可治疗遗精滑精，遗尿尿频等；莲子补脾止泻、止带、益肾涩精等，可治疗脾虚泄泻、带下、遗精等。
芡实药用来源为睡莲科植物芡的干燥成熟种仁，具有益肾固精、补脾止泻、除湿止带的功效，可用于遗精滑精、遗尿尿频、脾虚久泻、白浊（尿液浑浊如白色浆液）、带下病症的治疗或改善。
莲子药用来源为睡莲科植物莲的干燥成熟种子，具有补脾止泻、止带、益肾涩精、养心安神的功效，可用于脾虚泄泻、带下、遗精、心悸失眠病症的治疗。
芡实和莲子部分功效、作用相似，但还是存在一些区别，故具体选用哪种药品应在中医师的辨证指导下进行，切勿自行盲目使用中药材，以免造成机体的损伤。