新鲜的黄花菜中含有秋水仙碱，可引起中毒。用热水焯烫及清水浸泡，或是烘干晾晒等方法可以去除秋水仙碱，避免中毒。
黄花菜具有很高的营养价值，但是新鲜的黄花菜中含有秋水仙碱，秋水仙碱本身是无毒的，但进入人体后，会被氧化成剧毒的氧化二秋水仙碱，从而导致中毒。氧化二秋水仙碱对胃肠黏膜和呼吸器官黏膜有强烈的刺激作用，其主要导致的症状是胃肠道症状，患者可以出现恶心、呕吐，严重者会出现脱水、代谢性酸中毒；神经系统出现抽搐、昏迷；还可导致骨髓移植和肾脏损伤等表现。
为了避免中毒，在食用黄花菜前一定要对其进行处理。将新鲜的黄花菜，通过烘干晾晒等方式加工成干黄花菜以后，可以减少有毒物质的含量，也可以直接到超市买干黄花菜。或者用60℃以上的热水进行焯烫，加清水浸泡两小时以上，也可以去除新鲜黄花菜内的秋水仙碱。
如果不慎发生黄花菜中毒，应立即就医，去医院进行催吐，洗胃，静脉使用维生素C，以及对症治疗，如吸氧、给予呼吸兴奋剂、升压药等。严重的中毒，临床上可以采取血液净化。