一、遗传因素
染色体异常：染色体数目或结构的异常是导致小孩畸形的重要遗传原因。例如21-三体综合征（唐氏综合征），是由于21号染色体多了一条，患儿具有特殊面容、智能落后等多种畸形表现，这是由于亲代生殖细胞形成过程中染色体不分离等原因导致。研究表明，高龄孕妇（年龄大于35岁）生育时，胎儿发生染色体异常的风险明显升高，因为随着孕妇年龄增长，卵子质量下降，染色体不分离的概率增加。
单基因遗传病：某些单基因的突变可导致特定的畸形综合征。比如成骨不全症，是由于编码Ⅰ型胶原蛋白的基因发生突变，导致患儿骨骼发育异常，出现骨脆性增加、易骨折等畸形表现，该疾病为常染色体显性或隐性遗传，有家族遗传史的家庭需要格外重视产前筛查等措施。
二、环境因素
化学物质暴露
-孕期母亲接触有害物质：孕妇在孕期接触如铅、汞、苯等化学物质可增加胎儿畸形风险。例如铅暴露，孕妇长期接触含铅的环境（如居住在铅污染地区、从事与铅相关工作等），铅可通过胎盘进入胎儿体内，干扰胎儿的正常发育，影响神经系统、骨骼等的发育，导致胎儿智力低下、生长发育迟缓等畸形相关表现。
-药物因素：一些药物在孕期使用不当也会引起胎儿畸形。如沙利度胺，在孕期使用会导致胎儿出现海豹肢等严重畸形，但现已明确其致畸性。还有某些抗生素（如四环素类），在孕期使用可影响胎儿牙齿和骨骼发育。
物理因素
-辐射：孕妇在孕期接受过量的辐射，如接受X线检查（尤其是腹部或盆腔的X线检查），胎儿受到电离辐射影响，可导致细胞分裂异常、组织器官发育障碍，增加胎儿发生畸形的概率。例如在怀孕早期（受孕后8-15周是胚胎器官形成的关键时期），胎儿对辐射更为敏感，辐射可能引起中枢神经系统、心脏等重要器官的畸形。
-高温：孕妇长时间处于高温环境，如洗热水澡时间过长、泡温泉时间过久等，可能影响胎儿的神经管发育等。研究发现，孕妇核心体温升高超过38.5℃并持续一段时间，会增加胎儿神经管畸形的发生风险，因为高温可能干扰细胞的正常代谢和分化过程。
三、母体因素
孕期感染
-病毒感染：孕妇在孕期感染风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等可导致胎儿畸形。例如风疹病毒感染，在妊娠早期（尤其是妊娠前3个月）感染风疹病毒，胎儿可能出现先天性白内障、心脏畸形、耳聋等多种畸形。这是因为病毒可通过胎盘侵犯胎儿，干扰胎儿器官的正常发育。
-细菌感染：孕妇孕期感染梅毒螺旋体，可通过胎盘传给胎儿，引起先天性梅毒，导致胎儿出现皮肤黏膜损害、骨骼畸形、肝脾肿大等多种畸形表现。
孕期营养缺乏：孕妇在孕期缺乏某些重要营养素也会影响胎儿发育导致畸形。例如叶酸缺乏，会增加胎儿神经管畸形的发生风险，如脊柱裂、无脑儿等。孕期叶酸不足会影响DNA的合成和细胞的正常分裂，而神经管在胚胎早期发育过程中需要大量的细胞分裂和分化来形成正常结构，叶酸缺乏干扰这一过程，导致神经管闭合不全等畸形。孕妇如果本身有偏食、节食等不良饮食习惯，或者患有影响营养吸收的疾病（如胃肠道疾病），更容易出现营养缺乏情况。
四、其他因素
不良生活方式：孕妇孕期吸烟、酗酒可增加胎儿畸形风险。吸烟时烟草中的尼古丁等有害物质会通过胎盘影响胎儿，导致胎儿发育迟缓、唇腭裂等畸形；酗酒则会使胎儿出现胎儿酒精综合征，表现为生长发育落后、面部畸形、智力低下等。另外，孕妇长期处于精神紧张、焦虑等不良情绪状态下，也可能通过神经内分泌系统的变化影响胎儿发育，增加胎儿畸形的发生概率。