引起动脉粥样硬化的危险因素也有很多，例如高血压、糖尿病、高血脂、高尿酸血症。还有现在比较关注的高同型半胱氨酸血症等。除了动脉粥样硬化，还应关注血液成分的异常，如常见的血小板计数增多或者真性红细胞增多。还有凝血机制的异常，如血液高凝状态、蛋白C、蛋白S的异常。除此以外，还有血管本身的原因，包括常见的肌纤维发育不良、烟雾病。
一些免疫系统性疾病可以引起血管壁发生血管炎，也是造成脑血栓的病因，还有年轻人有动脉夹层也会导致脑血栓。除此之外，还有遗传因素，例如常见的单基因遗传病CADASIL等，都可以引起脑血栓。因此，脑血栓形成的病因有很多，其中动脉粥样硬化是最主要的一个病因。